Akhundzada được bổ nhiệm làm chỉ huy tối cao của Taliban vào ngày 25 tháng 5 năm 2016 thay cho Mullah Akhtar Mansour. Mansour và một chiến binh thứ hai đã thiệt mạng khi đạn từ một máy bay không người lái bắn trúng phương tiện mà họ đang lái. Cuộc tấn công này đã được Tổng thống Hoa Kỳ Barack Obama chấp thuận.[10][11] Akhundzada trước đây là cấp phó của Mansour. Theo các nguồn tin từ Taliban, Mansour đã xác định Akhundzada làm người kế vị theo di chúc của mình.[2]

Một phát ngôn viên của Taliban cho biết Sirajuddin Haqqani được bổ nhiệm làm Phó thứ nhất và Mullah Mohammad Yaqoob, con trai của cựu thủ lĩnh Taliban Mullah Omar, được bổ nhiệm làm Phó thứ hai.[12] Mawlawi Akhundzada lãnh đạo một số madrassa (trường học tôn giáo) trong vùng tây nam của tỉnh Balochistan ở Pakistan.[13]

Các nhà phân tích tin rằng có sự khác biệt giữa các cấp bậc của Taliban về việc ai sẽ được bổ nhiệm làm thủ lĩnh mới. Những cái tên được gợi ý là Mullah Yaqoob và Sirajuddin Haqqani, với Haqqani là thành viên nổi bật nhất được liên kết với Mạng lưới Haqqani. Tuy nhiên Akhundzada đã duy trì một danh tiếng là trung lập trong nội bộ Taliban. Để tránh xung đột khi chọn Akhundzada làm thủ lĩnh, Taliban đã đồng ý rằng Yaqoob và Sirajuddin Haqqani đều sẽ làm cấp phó của lãnh đạo mới.[14]